50万円の損失がいつからいつまでの期間にわたるものか不明ですが、とりあえず2006年中のものとして話を進めます。2006年はトータルで損失となっていれば源泉徴収もないわけですから、取り返すものもない、ということになります（株式の譲渡益への課税はそもそも分離課税なので）。が、今年確定申告（損失の繰越）をすれば、来年50万円までの利益が出ても、通算されて税金がかからないことになります。来年どうなるか分かりませんが、やるものはやっておいたほうが良いでしょう。補足に対して：今年の税額は今年の成績次第ですから、年末までに50万円を取り返せれば課税、取り返せなければ、来年確定申告をして損失の繰越をしましょう。