研究開発投資を行った場合、その支出は販売管理費や製造原価に費用として計上されます。したがってキャッシュフロー計算書上は個々の費用項目を記載しないため 直接法ではその他の営業支出に含まれ、間接法では税引き前当期純利益で前の支出を省略しています。また 将来のための大型研究開発投資は投資キャッシュフローではなく営業キャッシュフローに計上され、誤解を招く恐れもあります。したがって研究開発投資の大きい企業は決算書上別途に研究開発内容・金額の説明を行っています。補足質問について各社各様に規則に従って処理をしていますので 一度監査法人もしくは公認会計士の方にご質問されるのが良いと思います。ご参考までに幾つか推測を含め下記に整理しました。①減価償却費はＰＬ上当期費用で、ＢＳ上減価償却累計額は資産。（ＰＬ・ＢＳ計上額は初年度しか合わない）②営業活動によるＣＦの減価償却費には、販売費及び一般管理費の減価償却費に、売上原価に含まれる減価償却費等も含まれている。③ＰＬ上「減価償却費」「ソフトウェア償却費」「長期前払費用償却費」等の勘定科目に分類されているものが、ＣＦ上は減価償却費一本に集約されている。④特別損失に「事業構造改善費用」「臨時償却費」「事業整理損失」があれば、これが差異に関連している。