素人ですのであくまでも他の方の回答を検索しての憶測でしかありませんが・・・。「申告で還付を受けられる」ということはあなたは源泉あり口座で取引しているということですよね？所得税7％はサラリーマンの年末調整のように還付ということになると思いますが、住民税は12月までの所得から計算された額を6月から支払うものですよね？ですから還付ではなく、本来の税額より少ない金額を来年の6月から請求されるということになるのではと思います。単純に考えると株譲渡による住民税分として2万4千円すでに払っているわけですが、損失の繰越控除適用であなたが払うことになる株譲渡による住民税は9000円。繰越控除適用によって株譲渡による差額1万5千円の住民税分を還付ではなく、他の所得から計算される住民税額から差し引いて6月から請求されるということになるのではと思います。もともと住民税を払うような方でないのなら、差し引く税額がありませんから住民税も還付ということになるのでしょう。http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q102853205ただし、確定申告しなければ合計所得金額として含まれずにすんだのに、80万の利益を譲渡損失の繰越控除を受けるために確定申告したことによって国保の保険料が上がったり扶養親族から外れたりすることもありますのでそういうことを気にしなければいけない立場なら繰越控除を適用するかどうかも考えてください。