＞前年度に株式投資信託での損失があり、確定申告書を作成したら、むしろ追加での納税が必要な結果となってしまいました。こんなことってあるのでしょうか？ あり得ません。どこかに間違いがあります。＞記入欄の間違いとか計算の間違いではないように思います。どこかに間違いがあるはずです。＞投資信託の売却額が収入額に合算されてしまうからだと思うのですが、分離課税の収入は、第三表だけに記載しますから、第一表の収入には反映しません。したがって、総合課税の給与収入と分離課税の株式等の譲渡収入が合算されることはありません。＞このような場合は、申告しないほうが有利ということでよいのでしょうか？損失の繰越を申告したいのなら申告すべきです。申告書Bと分離課税用の第三表を使って申告書を作成しているのでしょうか？もう一度良く調べてください。