特定口座で源泉徴収ありの取引かと判断します。譲渡しますと取引手数料（消費税あります）が差し引かれます。３１万円ならこの手数料は小額です。従って、譲渡利益が発生（購入金額より譲渡金額の方が手数料を差し引いても大きかった）している筈です。この場合は所得税と地方税が源泉徴収されます。＊なお、年内に株式を購入し譲渡して損失が生じた場合は所得税や地方税は今回の源泉徴収額と相殺してくれます。また、年が明けますと年間取引報告書が郵送されますが特定口座源泉徴収ありの場合は確定申告の必要はありません。確定申告が必要ないのは株式譲渡は分離課税制度だからです。普通口座とか源泉徴収なしの取引は確定申告が必要となります。疑問がある場合は、ネット取引ならログインして取引の詳細（電子交付といいます）がありますので確認出来ます。ネット取引でないなら証券会社でご確認下さい。【補足の回答】徴収税額は譲渡利益に対し１０％課税されます。（１０％は当面の暫定措置です）取引額が３２万５０００円で利益が１５０００円なのに２９万６０００円の入金？？おかしいですよ。ＭＲＦでなく口座に入金した金額を確認ください。全額ＭＲＦに移らず口座に残金ありませんでした？